O Santos não terá mais chance de disputar a Copa do Brasil de 2024, conforme a última rodada de resultados no Campeonato Brasileiro. A equipe não alcançou o G-6, que garantiria vaga na Libertadores e abria caminho para a competição nacional. As mudanças no regulamento da Copa do Brasil deram maior peso aos campeonatos estaduais, e equipes como Palmeiras, Água Santa, Bragantino, Ituano e São Bernardo já asseguraram suas participações por meio dessa via.
Com Palmeiras e Bragantino se destacando na Libertadores de 2024, o Campeonato Paulista se tornou uma rota significativa para a classificação, mas o Santos não conseguiu um bom desempenho no estadual, perdendo a oportunidade. Mesmo a eventual abertura de uma nova vaga por meio do Corinthians não beneficiaria o Santos, pois, de acordo com a classificação no Paulistão, o direito seria do Mirassol. Com 42 pontos no Brasileirão, o Santos está fora do G-6, tornando impossível sua participação na Libertadores do próximo ano por essa via.
O presidente Andres Rueda, em junho, expressou otimismo quanto a um convite para o Santos participar da Copa do Brasil, mas o regulamento não prevê convites, tornando inviável a presença do Peixe na competição. A Federação Paulista de Futebol já definiu suas seis vagas, e o representante será a Portuguesa Santista, campeã da Copa Paulista. O Santos, assim, terá um representante no torneio, mas não será o próprio clube.